Bilimde Nostalji Tramvayı

2012 yılının sonuna geldik. Radikal gazetesi bilim sayfasında gezinirken gözümüze çarpan başlık: Sigara DNA'ya Zarar Veriyor.

Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı Başkanı Doç. Dr. Ali İrfan Güzel, DNA'ya zarar veren kimyasalların başında sigarada bulunan ve sayıları binlerle ifade edilen çeşitli kanserojen maddelerin geldiğini söyledi

İster Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi olun, ister Nihat Doğan Rehabilitasyon Merkezi, kurumunuzu akademik olarak ileriye taşıyacak özellik isminiz değil yapılan bilimsel araştırmaların yeniliği ve kalitesidir.
Üniversitenizin ismi duyulsun, şanınız yürüsün diyerek hazırladığınız basın bülteni, 50 yıldır bilinen sigara-kanser ilişkisine dair yeni hiçbir şey söylemiyor. Bu alanda 1964 yılında yapılan çalışmalara şu rapordan ulaşabilirsiniz. Ayrıca sigarada haberde belirtildiği gibi binlerce değil, 30 civarı kanserojen madde var.

Doç. Dr. Ali İrfan Güzel, bütün canlıların hücre olarak tanımlanan mükemmel yapı taşlarıyla dizayn edildiğini ve gözle görülemeyecek kadar küçük olan fonksiyonel birimlerden oluştuğunu belirtti.

Bir tıp fakültesi öğretim üyesi, hayata, hayvanlar alemine, her bir moleküle, hücreye, hayranlıkla bakabilir, sanatçı bir ruhu varsa ilham da alabilir. Bilim ve hayranlık, billim ve temaşa durumu, birbirlerini tabii ki besleyebilir. Fakat bir hücrenin mükemmel olması tam olarak ne tür bir biyolojik sınıflandırmadır? Mükemmellik nasıl tanımlanır ve bu mükemmel hücreler neden farklı pH, farklı tuz oranı, farklı sıcaklık gibi çevresel koşullarda bütünlüğünü kaybedip ölür? Mükemmel tanımlanan bir hücre ve dokulara bir tıp fakültesinde tıbbi müdahale yapılmasında mükemmel bir mantık hatası yok mu?

İşin aslını merak ediyoruz ve birkaç önerimiz de var. Eğer basın bülteninde kurumunuzda yapılmamış araştırmaları yayınlıyorsanız, Nature dergisinin 2012 yılının bilimsel gelişmelerini özetleyen bir foto galerisi var, lütfen oraya bir göz atın ve daha yeni gelişmelere değinin. Yok, eğer TÜBİTAK'tan ayrılan araştırma bütçesini bu şekilde kullanıyor ve kendi araştırmalarınızı yayınlıyorsanız, 1960ar yetmez, 1950lere gidip çocuk felci aşısını tekrar keşfedin. Ülkemizin bilim bütçesinin kullanılması için tekerleğin icadına kadar giden uzun bir yol var.

Son olarak, son paragraftaki veryansına değinelim:

“Vücuttaki bir hücrenin bile bu tür bir ajanla zarar görmesi kanser gelişimi için yeterli olabiliyor. Bilimsel verilere göre akciğer kanserlerinin yüzde 90'ına sigara dumanı neden oluyor. Hükümetimizin uyguladığı politikalarla kapalı ortamlarda sigara kullanımı aşağı çekildi ancak insanlar evlerinde içiyorlar, bu engellenemiyor” diye konuştu. 

Kastedilen 'ajan', ingilizcedeki 'agent' kelimesi, (ki bu kelimenin Türkçe'deki anlamı burada etmen veya faktör olmalıdır) ve paragraftaki ifadenin garipliği, bu kelimenin anlamını taşımadan tercüme edilmesinden kaynaklanıyor.
Hükümetimizin insanların evlerinde sigara içimini engelleyemediği doğrudur. Engellemesini beklemek zaten yanlıştır. Herkes evinde istediğini yapabilir. Evinde küçük çocuğu olanlar bu bilinci alabilirlerdi, eğer 1970lerde üniversite okurlarken, 50 sene öncesinin bilimsel gelişmeleri yerine, güncel bilgileri öğrenselerdi (İbretlik son cümlenin ardından Olacak O Kadar müziği girsin).

[Aklınıza gelen ilk sebze meyve ismi]'ndeki İnanılmaz Mucize

Geçen gün yine 3-5 bilim adamı süpermarkete gitmişiz...Elimizi neye attıysak müthiş ve inanılmaz faydalı çıktı. Bazen bir bilim adamı olarak mutfak alışverişi yapmak çok zor olabiliyor.

Bugün gazetesinde 10 günde bir güncellenen sağlık haberlerinin hepsi, bitkilerdeki inanılmaz şifalarla ilgili. İnanamıyorlar, yazıyorlar. İnanamıyorlar, tekrar yazıyorlar...

İsrail İstihbarat Teşkilatı Sunar: Kod Adı Akbabuş

Sudan'da, işinde gücünde bir akbaba yakalanıyor, ayağındaki demir halkadan ve bu halkanın üzerinde 'Hebrew Üniversitesi, Kudüs' yazmasından kıllanılıyor, sıkı bir istihbarat çalışmasıyla bunun bir İsrail casusu akbabası olduğuna kanaat getirilip, İsrail ile diplomatik kriz yaratılıyor. NTVMSNBC de bu haberi, ''İsrail'in casus kuşu yakalandı!'' diye veriyor.

Ayağında 'İsrail' yazan başka bir kuşun, ülkemizde de daha önce yakalanmasını ve 'sol burun deliği daha büyük. Burnunda dinleme cihazı var!' gerekçesiyle milli istihbarata gönderilmesini daha önce bu blogda işlemiştik. (Kuşların burunları değil, gagaları olduğunun tekrar altını çizelim). Kuşların ayağına demir halka bağlamanın, ornitolojide (kuş biliminde) sıklıkla kullanılan, kuşların göç yollarını takip etmeyi mümkün kılan bir metodoloji olduğunu da belirtmiştik. Paranoyak kişilik bozukluğunuz yoksa, bacağında 'İsrail' yazan kuşun casus olmayacağını çıkartabilmeniz gerekir. Bu nedenle, İsrailli ornitologların kuşların göç ettiği her ülke ile diplomatik kriz yaşayabilme ihtimallerini hesap ettiklerini zannetmiyoruz. Bir üniversite, bu dinamiklerle bilimsel araştırma yapamaz.

Halbuki, kuşların göç yollarının takibi, önemli bir mevzu. Hem kuşların ekosistem kullanımı ve yıllar içinde bu kullanımdaki değişim açısından, hem de, kuş gribi gibi, bu türlerin taşıyıcı olduğu salgın durumlarında, halk sağlığı düşünülerek önlemler almak için. İsrail birçok kuş türünün Avrasya-Afrika göçü sırasında rotalarının üzerinde bulunuyor. İsrail doğa kurumunun birçok kuşun göç yolunu takip etmesinden daha doğal bir durum olamaz.

Doğal olmayan ise, yaşayıp yaşamayacağının garantisi olmayan, keyfinin kahyasına göre hareket edecek bir akbabanın, casuslukla suçlanması. Üstelik bacağında açıkça 'israil' halkası varken. Ve daha da üzücüsü, NTVMSNBC'nin haberi bu başlıkla ve bu metinle vermesi.

Başlıkta BÜYÜK GÖĞÜS Varsa, O Yazı Okunur! (Bu taktiği blogumuzda kullanmanın zamanı gelmişti)

Milliyet gazetesi, kendi kendini fesheden bir bilim haberi ile blogumuzda yeni bir dönemin yol göstericiliğini yapıyor. 

Göğüslerinizden memnun değil misiniz? 

'Çevresindeki yeterli ve düzgün görünümlü göğüsleri' kıskanan hanımlarımıza, silikonsuz göğüs büyütmenin reçetesini sunan bu haber, okuyucuya 'harekete geçme zamanınız gelmiş olabilir' diyerek insiyatifi ele almaya, her kadının içindeki uyuyan dev Nadide Sultan'ı uyandırmaya çağırıyor.

Tavuk bageti tüketilmesi meme büyümesini artırır!

Çözüme odaklı, keskin, dolambaçsız ve net ifadeler burada bitmiyor. Göğüs büyüklüğü için kesinlikle tüketmeniz gereken diğer yiyecekler şöyle sıralanıyor:

Süt ürünleri, soya, keten tohumu, akdarı, arpa, ayçiçeği, kabak, anason tohumları, barbunya, karnabahar, brokoli, pancar, salatalık, havuç, domates, mantar, brüksel lahanası, mercimek, kereviz, yeşil fasulya, soğan, börülce, nohut, bezelye, elma, kiraz, şeftali, üzüm, kavun, armut, tam buğday, kahverengi pirinç, buğday tohumu, fasulye filizi, zeytin, kuru erik, yulaf ezmesi, çemen otu, rezene, çavdar, karanfil, zencefil, hint safranı. 

Tam bilimsel müdahalemizi yapacakken, işin bu boyutuna, yine haberin içinde, başka bir paragrafta rastlıyoruz:

Meme dokusunun şekli ve büyüklüğü genetik olarak ve bazı hormonların etkisiyle belirlenir. Bilimsel olarak etkinliği kanıtlanmış, sadece meme büyümesi ile şekil güzelliği sağlayan bir yiyecek bulunmasa da bazı yiyecekler kilo aldırması sayesinde meme dokusunun da yağlanmasını sağlar.

Madem bunu biliyordunuz, yukarda sıraladığınız yiyeceklerin orada işi ne? 'Okuyucu kilo alsın da, göğüsler de büyür nasıl olsa' diye düşündünüz ve kileri açıp önünüze hangi yiyecek çıktıysa listeye mi eklediniz? Bu haber kendi kendini feshetmiş olmadı mı?
Konumuz titiz habercilik olduğunda Milliyet'ten şaşmayacağımızı artık biliyoruz, ve tabii ki çemen otu, pirinç, fasulye, nohut ve daha nice karbonhidratı yediğimiz gibi neye benzeyeceğimizi de.

Protein, DNA ve Parçacık hızlandırıcılar

Aslında İsmet Berkan'ı severiz. Türkiye'de leşi çıkmış bilim haberciliği ve bilim hakkında tek fikir beyanı 'quantum olumlama ile fıtık ağrılarımdan kurtuldum' olan köşe yazarları arasında, kendisinin zaman zaman önemli bilimsel konulara değindiğini ve bunun araştırmasını iyi yaptığını düşünürüz (Biz, yani ben ve diğer elit bilim çevreleri). Fakat 4 Kasım Pazar günü yayınlanan yazısında yaptığı birtakım bilimsel hatalar dikkatimizden kaçmadı, kimse için istisna yapamayacağımız için, kendisinden özür dileyerek, bu yazıyı 'bir gazetecinin ustalık eseri' kategorisine yolluyoruz.

Önce, yazarın kafa karışıklığının kaynağını oluşturduğunu düşündüğümüz şu cümle ile başlayalım:

Bizim ve bütün canlıların temel genetik kodlarını üzerinde taşıyan DNA proteinlerden oluşuyor. Dolayısıyla artık DNA çözümlemesi yapmak da çok hızlandı.

Bizim ve bütün canlıların temel genetik kodlarını üzerinde taşıyan DNA, proteinlerden DEĞİL, nükleik asit zincirlerinden oluşuyor. Proteinler ise amino asit zincirlerinden oluşuyor. Nükleik asitler ve amino asitler, tamamen farklı yapıtaşlarıdır ve bir moleküle farklı özellikler verir. Dolayısıyla proteinler, bırakın DNA'yı oluşturmayı, DNA'dan tamamen farklı moleküllerdir. Hücredeki proteinler, bir binanın tuğlalarıysa, nükleik asitlerden oluşan DNA da o binanın blueprint'i yani bina planıdır. DNA, hem hücrede üretilen proteinleri, hem de bu proteinlerin ne zaman ve hangi hücrelerde üretileceğini kodlar. Proteinler ise, hücrenin yapısını oluşturur ve fonksiyonlarını yürütür.  Bu süreç hücrede, DNA'dan RNA yapılması, ve RNA'dan protein yapılması şeklinde gerçekleşir.

Peki ne oluyor bu hızlandırıcılarla? Aslında bir çok şey oluyor. Ben bir tanesini bugün anlatayım. [...]Artık bir proteinin moleküler yapısını çözmek 2 nanosaniye bile sürmüyor.[...] Bize vaad edilen şeylerden biri şu: Vücudunuzdan alınan kanserli hücrenin DNA'sı hızla çözülecek ve o DNA içinde hücrenin vücudun korunma sisteminden gizlenmesini belirleyen gen saptanacak....[...].

Yazıda sözü geçen parçacık hızlandırıcılar, protein yapısı çözümünde kullanılıyor olsa da (örneğin yüksek enerjili X-ray spectroscopy), bir proteinin detaylı yapısını 2 nano saniyede öğrenmekten çok çok uzağız. Bu noktada, referans gösterilen bu hızın, nanopore sequencing tekniği sayesinde erişilen DNA sekanslama, yani DNA dizilimi çözme hızı olduğunu düşünüyoruz (1 nükleotid/ 4 nanosaniye). Zaten, kalıtımsal hastalıkların temelinde olan genetik mutasyonlara, günümüzde protein seviyesinde değil, gen dizilimi seviyesinde bakılır. Yazıda dile getirilen akıl almaz teknolojik ivme de, protein yapısı çözümünde değil, DNA dizilimi okumada katedilmiştir. Artık herhangi bir DNA dizilimini çözmek hem çok hızlandığından hem de çok ucuzlaştığından, bireylerin DNA dizilimleri çözülebiliyor, kişiye özel hastalık riskleri hakkında bir fikir edinilebiliyor.

Proteinlerin moleküler yapısını çözmek de temel bilime ve insan sağlığına katkıda bulunuyor olsa da, bireylerin protein yapılarından hastalık tahlili yapmak henüz seri bir süreç değil.

Protein ve DNA'nın hem yapıları, hem işlevleri medyada birçok yerde karıştırıldığından, bu yazının önemli bir ibretlik değeri olduğunu düşünüyor, İsmet Berkan'ın iyi niyetini süistimal ettiğimiz bu yazımızı medyadaki tek dostumuzu kaybetmek pahasına yayınlıyoruz.

Hamama Giren Terler

Ders kitaplarına girebilecek bir bilim haberi, yine Radikal gazetesi farkıyla geliyor. Haberi dikkatimize sunan külyutmaz bilim insanı Eylül Harputlugil'e teşekkür ederiz.

''Kanser tedavisinde yeni bir dönem başlatan Nobel ödüllü Alman doktor Robert Gorter, hastalarının vücut ısılarını yükselterek kanser hücrelerini öldürüyor.

İstanbul 'da Türk hastalarıyla biraraya gelen Gorter'ın tedavisi, artık tüm dünyada kabul gören bir yöntem. ''

Dr. Robert Gorter, Nobel ödüllü bir bilim adamı değil. Almanya'da, isminin önüne 'profesör' eki getirmesi mahkeme kararıyla yasaklanmış bir doktor, genel pratisyen.

Hastalarının vücut sıcaklığını yükselterek kanseri tedavi ettiğini iddia etmesi, bırakın tüm dünyada kabul görmeyi, farelerde dahi işe yaradığı gösterilmemiş bir fantastik kurgu. Gelin bu yöntemi Dr. Gorter'in kendi ağzından dinleyelim:

 "40 sene önce bana da kanser teşhisi konmuştu. Vücut ısımı yükselterek tedavi uyguladım. Haftada 2 gün 42 derecelik sıcak suyun bulunduğu bir küvete giriyordum" 

Dr. Gorter, 42 derecelik sıcak suyun bulunduğu bir küvette vücut ısınızın yükselmesi, ya sizin bir kertenkele olduğunuz anlamına gelir, ya da biz insanların homeostasis ile vücut sıcaklığımızı çevredeki değişikliklere rağmen sabit tuttuğumuzdan bihaber olduğunuzu gösterir. Evet, sıcakkanlı memeliler olarak, 42 derecelik su banyosunda da, hamamda da, çölde de, saunada da, 20 derecelik bahar havasında da, vücudumuz sıcaklığı 37 derecede sabit tutar. 

Cilt Kanseri Hastası; "Bir yıl boyunca kemoterapi aldım. İki ay boyunca radyoterapi aldım ama bunlardan hiçbir sonuç alınmadı. Bu tedaviye başladım. İki aydır bu tedaviyi alıyorum. İki ay sekiz haftalık bir sürede iki aşı oldu. Yararlarını gördüm" dedi. 

Öncelikle geçmiş olsun. Ama aldığınız radyoterapi ve kemoterapiden sonra, iki ay küvette oturmanız, durumunuzun iyileşmesinin radyoterapi ve kemoterapi kaynaklı olabileceği gerçeğini çöpe atmanız için yeterli mi?

Tek kredibilitesi Alman olması olan Dr. Gorter'in, komiklik ile ruh hastalığı arasında gidip gelen bu tedavi önerisinin sahtekarlık olduğu iddiası ilk defa blogumuzda değil, başka mecralarda da dile getirilmiş. Dr. Gorter, bu tür yazıları yazan doktorlara Hollanda'da açtığı tazminat davalarını kaybetmiş.

Radikal Nobel Ödüllerini kınıyor, bu bilim haberinin yanlış bilginin de ötesinde, kanser hastası birçok insana sahte umut vererek içinde bulundukları bu zor durumun kötüye kullanılmasına fırsat yarattığını düşünüyoruz.

Yazımızı, Dr. Gorter'in kendi websitesinden bir alıntı ile bitirelim:

“I would cure all diseases if I only could produce fever.” Parmenides, Greek physician and philosopher, 510 BC 

Tercümesi: ''Eğer ateşinizi çıkarabilseydim, bütün hastalıkları tedavi ederdim.'' Parmenides, Yunan doktor ve filozof, M.Ö. 510

Son 2500 senede bilim bu noktanın bir hayli ötesine geçti, size de haber verelim dedik Sayın Gorter.

PSİAR DENEN ALET

''Bu DNA izole edildikten sonra istenen bölge, 'psiar' denilen aletle çoğaltılıyor.''

İstenilen bölgenin 'psiar' değil, PCR (Polymerase Chain Reaction) isimli aletle çoğaltıldığını belirtelim. Moleküler biyolojinin mihenk taşlarından biri olan bu cihazın ismini telefonda doğru anlamadıysanız, bir bilim habercisi olarak email ile teyit etmelisiniz.