29 Kasım 2012 Perşembe

Protein, DNA ve Parçacık hızlandırıcılar


Aslında İsmet Berkan'ı severiz. Türkiye'de leşi çıkmış bilim haberciliği ve bilim hakkında tek fikir beyanı 'quantum olumlama ile fıtık ağrılarımdan kurtuldum' olan köşe yazarları arasında, kendisinin zaman zaman önemli bilimsel konulara değindiğini ve bunun araştırmasını iyi yaptığını düşünürüz (Biz, yani ben ve diğer elit bilim çevreleri). Fakat 4 Kasım Pazar günü yayınlanan yazısında yaptığı birtakım bilimsel hatalar dikkatimizden kaçmadı, kimse için istisna yapamayacağımız için, kendisinden özür dileyerek, bu yazıyı 'bir gazetecinin ustalık eseri' kategorisine yolluyoruz.
Önce, yazarın kafa karışıklığının kaynağını oluşturduğunu düşündüğümüz şu cümle ile başlayalım:
Bizim ve bütün canlıların temel genetik kodlarını üzerinde taşıyan DNA proteinlerden oluşuyor. Dolayısıyla artık DNA çözümlemesi yapmak da çok hızlandı.
Bizim ve bütün canlıların temel genetik kodlarını üzerinde taşıyan DNA, proteinlerden DEĞİL, nükleik asit zincirlerinden oluşuyor. Proteinler ise amino asit zincirlerinden oluşuyor. Nükleik asitler ve amino asitler, tamamen farklı yapıtaşlarıdır ve bir moleküle farklı özellikler verir. Dolayısıyla proteinler, bırakın DNA'yı oluşturmayı, DNA'dan tamamen farklı moleküllerdir. Hücredeki proteinler, bir binanın tuğlalarıysa, nükleik asitlerden oluşan DNA da o binanın blueprint'i yani bina planıdır. DNA, hem hücrede üretilen proteinleri, hem de bu proteinlerin ne zaman ve hangi hücrelerde üretileceğini kodlar. Proteinler ise, hücrenin yapısını oluşturur ve fonksiyonlarını yürütür.  Bu süreç hücrede, DNA'dan RNA yapılması, ve RNA'dan protein yapılması şeklinde gerçekleşir.

Peki ne oluyor bu hızlandırıcılarla? Aslında bir çok şey oluyor. Ben bir tanesini bugün anlatayım. [...]Artık bir proteinin moleküler yapısını çözmek 2 nanosaniye bile sürmüyor.[...] Bize vaad edilen şeylerden biri şu: Vücudunuzdan alınan kanserli hücrenin DNA'sı hızla çözülecek ve o DNA içinde hücrenin vücudun korunma sisteminden gizlenmesini belirleyen gen saptanacak....[...].

Yazıda sözü geçen parçacık hızlandırıcılar, protein yapısı çözümünde kullanılıyor olsa da (örneğin yüksek enerjili X-ray spectroscopy), bir proteinin detaylı yapısını 2 nano saniyede öğrenmekten çok çok uzağız. Bu noktada, referans gösterilen bu hızın, nanopore sequencing tekniği sayesinde erişilen DNA sekanslama, yani DNA dizilimi çözme hızı olduğunu düşünüyoruz (1 nükleotid/ 4 nanosaniye). Zaten, kalıtımsal hastalıkların temelinde olan genetik mutasyonlara, günümüzde protein seviyesinde değil, gen dizilimi seviyesinde bakılır. Yazıda dile getirilen akıl almaz teknolojik ivme de, protein yapısı çözümünde değil, DNA dizilimi okumada katedilmiştir. Artık herhangi bir DNA dizilimini çözmek hem çok hızlandığından hem de çok ucuzlaştığından, bireylerin DNA dizilimleri çözülebiliyor, kişiye özel hastalık riskleri hakkında bir fikir edinilebiliyor.

Proteinlerin moleküler yapısını çözmek de temel bilime ve insan sağlığına katkıda bulunuyor olsa da, bireylerin protein yapılarından hastalık tahlili yapmak henüz seri bir süreç değil.

Protein ve DNA'nın hem yapıları, hem işlevleri medyada birçok yerde karıştırıldığından, bu yazının önemli bir ibretlik değeri olduğunu düşünüyor, İsmet Berkan'ın iyi niyetini süistimal ettiğimiz bu yazımızı medyadaki tek dostumuzu kaybetmek pahasına yayınlıyoruz.


4 yorum:

  1. Bu yorum yazar tarafından silindi.

    YanıtlaSil
    Yanıtlar
    1. Bu yorum yazar tarafından silindi.

      Sil
  2. kendi yorumunu kaldıran author

    YanıtlaSil
    Yanıtlar
    1. İnsan kendi kaldıramayacağı yorumu yazabilir mi?

      Sil