29 Kasım 2012 Perşembe

Protein, DNA ve Parçacık hızlandırıcılar


Aslında İsmet Berkan'ı severiz. Türkiye'de leşi çıkmış bilim haberciliği ve bilim hakkında tek fikir beyanı 'quantum olumlama ile fıtık ağrılarımdan kurtuldum' olan köşe yazarları arasında, kendisinin zaman zaman önemli bilimsel konulara değindiğini ve bunun araştırmasını iyi yaptığını düşünürüz (Biz, yani ben ve diğer elit bilim çevreleri). Fakat 4 Kasım Pazar günü yayınlanan yazısında yaptığı birtakım bilimsel hatalar dikkatimizden kaçmadı, kimse için istisna yapamayacağımız için, kendisinden özür dileyerek, bu yazıyı 'bir gazetecinin ustalık eseri' kategorisine yolluyoruz.
Önce, yazarın kafa karışıklığının kaynağını oluşturduğunu düşündüğümüz şu cümle ile başlayalım:
Bizim ve bütün canlıların temel genetik kodlarını üzerinde taşıyan DNA proteinlerden oluşuyor. Dolayısıyla artık DNA çözümlemesi yapmak da çok hızlandı.
Bizim ve bütün canlıların temel genetik kodlarını üzerinde taşıyan DNA, proteinlerden DEĞİL, nükleik asit zincirlerinden oluşuyor. Proteinler ise amino asit zincirlerinden oluşuyor. Nükleik asitler ve amino asitler, tamamen farklı yapıtaşlarıdır ve bir moleküle farklı özellikler verir. Dolayısıyla proteinler, bırakın DNA'yı oluşturmayı, DNA'dan tamamen farklı moleküllerdir. Hücredeki proteinler, bir binanın tuğlalarıysa, nükleik asitlerden oluşan DNA da o binanın blueprint'i yani bina planıdır. DNA, hem hücrede üretilen proteinleri, hem de bu proteinlerin ne zaman ve hangi hücrelerde üretileceğini kodlar. Proteinler ise, hücrenin yapısını oluşturur ve fonksiyonlarını yürütür.  Bu süreç hücrede, DNA'dan RNA yapılması, ve RNA'dan protein yapılması şeklinde gerçekleşir.

Peki ne oluyor bu hızlandırıcılarla? Aslında bir çok şey oluyor. Ben bir tanesini bugün anlatayım. [...]Artık bir proteinin moleküler yapısını çözmek 2 nanosaniye bile sürmüyor.[...] Bize vaad edilen şeylerden biri şu: Vücudunuzdan alınan kanserli hücrenin DNA'sı hızla çözülecek ve o DNA içinde hücrenin vücudun korunma sisteminden gizlenmesini belirleyen gen saptanacak....[...].

Yazıda sözü geçen parçacık hızlandırıcılar, protein yapısı çözümünde kullanılıyor olsa da (örneğin yüksek enerjili X-ray spectroscopy), bir proteinin detaylı yapısını 2 nano saniyede öğrenmekten çok çok uzağız. Bu noktada, referans gösterilen bu hızın, nanopore sequencing tekniği sayesinde erişilen DNA sekanslama, yani DNA dizilimi çözme hızı olduğunu düşünüyoruz (1 nükleotid/ 4 nanosaniye). Zaten, kalıtımsal hastalıkların temelinde olan genetik mutasyonlara, günümüzde protein seviyesinde değil, gen dizilimi seviyesinde bakılır. Yazıda dile getirilen akıl almaz teknolojik ivme de, protein yapısı çözümünde değil, DNA dizilimi okumada katedilmiştir. Artık herhangi bir DNA dizilimini çözmek hem çok hızlandığından hem de çok ucuzlaştığından, bireylerin DNA dizilimleri çözülebiliyor, kişiye özel hastalık riskleri hakkında bir fikir edinilebiliyor.

Proteinlerin moleküler yapısını çözmek de temel bilime ve insan sağlığına katkıda bulunuyor olsa da, bireylerin protein yapılarından hastalık tahlili yapmak henüz seri bir süreç değil.

Protein ve DNA'nın hem yapıları, hem işlevleri medyada birçok yerde karıştırıldığından, bu yazının önemli bir ibretlik değeri olduğunu düşünüyor, İsmet Berkan'ın iyi niyetini süistimal ettiğimiz bu yazımızı medyadaki tek dostumuzu kaybetmek pahasına yayınlıyoruz.


25 Kasım 2012 Pazar

Hamama Giren Terler



Ders kitaplarına girebilecek bir bilim haberi, yine Radikal gazetesi farkıyla geliyor. Haberi dikkatimize sunan külyutmaz bilim insanı Eylül Harputlugil'e teşekkür ederiz.
''Kanser tedavisinde yeni bir dönem başlatan Nobel ödüllü Alman doktor Robert Gorter, hastalarının vücut ısılarını yükselterek kanser hücrelerini öldürüyor.
İstanbul 'da Türk hastalarıyla biraraya gelen Gorter'ın tedavisi, artık tüm dünyada kabul gören bir yöntem. ''
Dr. Robert Gorter, Nobel ödüllü bir bilim adamı değil. Almanya'da, isminin önüne 'profesör' eki getirmesi mahkeme kararıyla yasaklanmış bir doktor, genel pratisyen.
Hastalarının vücut sıcaklığını yükselterek kanseri tedavi ettiğini iddia etmesi, bırakın tüm dünyada kabul görmeyi, farelerde dahi işe yaradığı gösterilmemiş bir fantastik kurgu. Gelin bu yöntemi Dr. Gorter'in kendi ağzından dinleyelim:
 "40 sene önce bana da kanser teşhisi konmuştu. Vücut ısımı yükselterek tedavi uyguladım. Haftada 2 gün 42 derecelik sıcak suyun bulunduğu bir küvete giriyordum" 
Dr. Gorter, 42 derecelik sıcak suyun bulunduğu bir küvette vücut ısınızın yükselmesi, ya sizin bir kertenkele olduğunuz anlamına gelir, ya da biz insanların homeostasis ile vücut sıcaklığımızı çevredeki değişikliklere rağmen sabit tuttuğumuzdan bihaber olduğunuzu gösterir. Evet, sıcakkanlı memeliler olarak, 42 derecelik su banyosunda da, hamamda da, çölde de, saunada da, 20 derecelik bahar havasında da, vücudumuz sıcaklığı 37 derecede sabit tutar. 

Cilt Kanseri Hastası; "Bir yıl boyunca kemoterapi aldım. İki ay boyunca radyoterapi aldım ama bunlardan hiçbir sonuç alınmadı. Bu tedaviye başladım. İki aydır bu tedaviyi alıyorum. İki ay sekiz haftalık bir sürede iki aşı oldu. Yararlarını gördüm" dedi. 
Öncelikle geçmiş olsun. Ama aldığınız radyoterapi ve kemoterapiden sonra, iki ay küvette oturmanız, durumunuzun iyileşmesinin radyoterapi ve kemoterapi kaynaklı olabileceği gerçeğini çöpe atmanız için yeterli mi?

Tek kredibilitesi Alman olması olan Dr. Gorter'in, komiklik ile ruh hastalığı arasında gidip gelen bu tedavi önerisinin sahtekarlık olduğu iddiası ilk defa blogumuzda değil, başka mecralarda da dile getirilmiş. Dr. Gorter, bu tür yazıları yazan doktorlara Hollanda'da açtığı tazminat davalarını kaybetmiş.

Radikal Nobel Ödüllerini kınıyor, bu bilim haberinin yanlış bilginin de ötesinde, kanser hastası birçok insana sahte umut vererek içinde bulundukları bu zor durumun kötüye kullanılmasına fırsat yarattığını düşünüyoruz.

Yazımızı, Dr. Gorter'in kendi websitesinden bir alıntı ile bitirelim:
“I would cure all diseases if I only could produce fever.” Parmenides, Greek physician and philosopher, 510 BC 
Tercümesi: ''Eğer ateşinizi çıkarabilseydim, bütün hastalıkları tedavi ederdim.'' Parmenides, Yunan doktor ve filozof, M.Ö. 510

Son 2500 senede bilim bu noktanın bir hayli ötesine geçti, size de haber verelim dedik Sayın Gorter.




23 Kasım 2012 Cuma

PSİAR DENEN ALET


''Bu DNA izole edildikten sonra istenen bölge, 'psiar' denilen aletle çoğaltılıyor.''
İstenilen bölgenin 'psiar' değil, PCR (Polymerase Chain Reaction) isimli aletle çoğaltıldığını belirtelim. Moleküler biyolojinin mihenk taşlarından biri olan bu cihazın ismini telefonda doğru anlamadıysanız, bir bilim habercisi olarak email ile teyit etmelisiniz.

1 Kasım 2012 Perşembe

Benim Beynim, Benim Kararım

Kürtaj kavgası eski heyecanını yitirip ortalık sakinleştiğine göre, önceden zulaladığımız kürtaj haberlerini piyasaya sürebiliriz.
Tartışmaların alevlendiği dönemde, 7 Haziran 2012'de, Bugün gazetesinde kürtajla ilgili aşağıdaki haber yayınlandı. Haberin tam metnini okumanızı şiddetle tavsiye ederim.



Biz yine de haberi özetleyip, alıntılarımızı yapalım. Kürtaj yasağı paniği yurt çapında devam ederken, Bugün gazetesinin danıştığı kadın doğum uzmanı ve Kadın Sağlıkçıları Derneği genel başkanı Dr. Gülhan Cengiz, kürtaj ile ilgili fikirlerini, doktor kimliği ile beyan ediyor. Sayın Cengiz, anne karnındaki hiçbir canlının hayatına son verilmesinin doğru olmadığını söyledikten sonra ekliyor:

Mesela Mongol bebeklerin (down sendromu) doğmasına müsade edilmiyor. Ama eğitimle bu hastalığı tedavi etmek mümkün. Bazı bebekler down sendromlu olduğunu düşünmemize rağmen normal bebek gibi dünyaya gelebiliyor. Anne karnındaki bebeğin zihinsel durumunu ölçmek her zaman mümkün olmuyor.

Sayın Cengiz, siz bir kadın doğum uzmanı olarak, hamileliklerde down sendromu tespitini, anne karnındaki bebeğe zeka testi uygulayarak mı yapıyorsunuz? Down sendromu, veya mongol sendromu, 21. kromozom çiftinin, ekstra bir kromozom (veya kromozom parçası) taşıması sonucu olur. Down sendromu vakalarında, 21. kromozomlar, olması gerektiği gibi bir çift değil, üç tanedir. Bu duruma trizomi denir, ve lisedeki bir biyoloji öğrencisinin dahi kromozomlara bakarak tespit edebileceği bir vakadır. Zaten hamilelik sırasında bebeğe yapılacak basit bir genetik test ile, %100 başarı oranıyla saptanabilir. Bu genetik durum değişmeyeceğine göre, down sendromlu bir bebeğin eğitimle bu sağlık durumunu aşabileceğini iddia etmek, öncelikle down sendromlu çocukların ailelerine hakaret, sonra da eğitim kurumunun omuzlarına yüklenmiş ağır bir yüktür. Eğitime bizim de en az sizin kadar saygımız var elbette, fakat eğitimin düzeltemeyeceği şeyler var. 21. kromozom trizomisi bunlardan biri.

Down sendromlu bebeklere hamilelik birçok ülkede isteğe göre sonlandırılsa da, bu çocuğu dünyaya getirmek isteyen anne babaların kararına da saygı duyulabilir, ve birçok down sendromlu çocuk, bu medikal durumlarına rağmen, lise diploması alırlar. Bizim şu anki, analitik düşünce gücüne dayalı dünyamızda bir anomali olmaları, onları bizden daha az değerli yapmaz. Fakat down sendromu, sadece zihinsel değil, fiziksel semptomları da olan, kromozom sayısında değişiklikten kaynaklanan, gelişim sürecine çok ciddi etkileri olan gerçek bir sendromdur. Hamilelikte tespit edilmişse, 'ayy bu çocuk Down değilmiş galiba, sonradan bi baktık, değilmiş öyle!' diyemezsiniz.

Dr. Cengiz'in hastalarına genetik testleri nasıl yaptığını çok merak ediyoruz. Kendi hayatıyla ilgili her kararda, 'benim beynim, benim kararım' demeyi seçebilir, fakat umarız özellikle riskli hamileliklerde yaptığı testlerde bebeğin medikal durumuyla ilgili doğru tespitleri yapıyor ve doğru adımları atıyordur.